powerpcb中制作新器件时遇到打安装孔和2d线的问题

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第一个问题你的作法很正确。
第二个问题可以放TOP层，但输出丝印图时时要注意TOP或BOTTOM层选OUTLINE。但最好是在编辑元件时，快捷键L0就是all layers，然后放2D　LINE。

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在做元件时一般还是用焊盘来充当过孔，不过可将焊盘直径设置得比钻孔小即可。
在做元件丝印时一般是放置在ALL LAYER(即为L0零层)，在画丝印前可以选择一下画线的板层到ALL LAYER即可。